葉面肥的廣泛施用給農業發展帶來巨大的改變，尤其是大型種植園進行快速高效的葉面噴施方法，但是任何事物總有它的不足之處，葉面肥也一樣，具體不足如下：

（1）效果短暫，需要間隔性施肥，葉面肥為水溶性葉面噴施型肥料，保持肥效時間短，一般間隔時間為7-10天噴施一次。

（2）葉面停留時間短，由于葉片表面的疏水性，噴施到葉片表面的養分溶液易于滑落流失，而且很容易受到氣候的影響。

（3）由于葉面肥發揮較大的作用為作物生長 提供各種微量元素，不可將葉面肥當做底肥來實行，應當建立在施足底肥的基礎上進行有效追肥。

（4）某些礦質元素，尤其是移動性差的元素，從吸收部位（主要是成熟葉片）向作物其他部位的轉移率較低，例如鈣。

（5）施用不當對作物造成損傷，葉面肥多為濃縮型原液，施用時需要進行兌水稀釋，如果不能很好的掌握其濃度很容易造成養分過剩，或者對作物生長造成損傷。